Hva kan være problemet hvis bandene ikke vises i Western Blot?

Hva kan være problemet hvis bandene ikke vises i Western Blot?
Anonim

Svar:

Mange…

Forklaring:

Det er mange grunner til at band kanskje ikke vises på en western blot. Har prøven og antistoffkombinasjonene arbeidet tidligere?

Nedenfor er bare noen som jeg kan tenke på for øyeblikket som kan føre til at band ikke vises:

  1. Gjorde proteinoverføringen fra gelen? Prøv å fargelegge membranen med noe som ponceau S eller amido svart for å se om bandet er til stede. Noen ganger kan du se proteinbåndene på membranen ved å vaske den og holde den i en vinkel mot lyset.

  2. Fungerer det primære antistoffet? Dette er vanskelig å teste og den eneste måten du kan, er ved å inkludere en positiv kontroll der du vet at du har protein av interesse til stede. Hvis du har noen av proteinene av interesse, kan du prøve å spotte det på den vestlige blottemembranen (det vil si at du ikke kjører gelen) og se om du får et resultat hvis du behandler membranen som om det var en western blotting.

  3. Er det sekundære antistoffet gjenkjenne det primære antistoffet? Igjen, en tøff å teste. Om den eneste testen du kan gjøre er spotprøven nevnt ovenfor i 2.

  4. Fungerer "gjenkjenningssystemet"? Avhengig av deteksjonsmetoden du bruker, kan du prøve å spike i noen av det sekundære antistoffet for å se om deteksjonsløsningen, og også utløsningsmidlet / enzymet på det sekundære antistoffet, virker. Det vil si, kan du utløse reaksjonen bare med det sekundære antistoffet?

Til slutt kan det være så enkelt som en av løsningene som ble brukt under undersøkelsen av at tomten ble gjort feil. For eksempel, hvis saltkonsentrasjonen er feil i bufferen, kan dette føre til at antistoffene frigjøres fra blottet. Det samme ville også skje hvis bufferenes pH var feil.

Den "rareste" årsaken til at en western blotte ikke virker som jeg personlig har opplevd var da vi endret leverandøren av melkepulveret som vi pleide å blokkere membranen. Pulveret fra den nye leverandøren inneholdt en fosfotyrosinfosfatase som fjernet alle fosfatgruppene vi forsøkte å oppdage med vårt anti-fosfotyrosinantistoff.